在眼下关于从科普法中废除“抵制和反对伪科学”条款的争论中，双方都默认了一个没有争议的前提假定：伪科学必然是一种消极的、负面的文化现象。我觉得这一假定是站不住脚的，它不过是科学主义流行的产物。实际上目前“伪科学”概念强烈的修辞色彩，就是要强调科学与非科学的本质区别，防止人们在二者之间混淆。而随
首先，科学与伪科学的界线只能是相对的、历史的，它无法通过某种定义精确的原则来区分，而只能由实际从事科学研究的实践者们作出可错的判断。过去科学哲学家们认为，可以从研究方法上将科学活动与非科学活动严格地区分开来。所有不符合科学研究方法原则，却以科学自居的活动都是伪科学。然而，随着历史主义的兴起，科学哲学家已经证明实际上不存在绝对的、永恒不变的、普遍适用的科学研究准则。这不是科学哲学家无能，而是对于所提议的任何一个普遍准则，科学哲学家都能成功地找到反例。如科学哲学家费耶阿本德指出，“对于任何给定的法则，不管它对于科学来说多么‘基本’或‘必要’，总会有一些境况，在那里不仅无视这法则而且采取它的反面是明智的。”
这样一来，想从研究方法上简单地确定伪科学的策略是行不通了，也就是说，在科学研究方法上，科学与非科学的界线开始模糊了，“伪科学”这个概念原先所具有的使科学纯洁化的功能也开始变弱了。美国著名科学哲学家库恩指出，“占星术不可能被排斥于科学之外，因为其预言也是以科学形式出现的。也不能因为术士们为失败辩解的方式而排除占星术……其实今天解释医学或气象学中的失败，也总是这样来论证的。即使是物理学、化学、天文学等精确科学，如果碰上麻烦，也会这样论证。占星术为失败所作解释，也没有什么不科学之处。”他还说，“历史学家们还面临着日益增多的困难，即如何区分出过去的观察和信念中‘科学’成分，与被他们的前辈们已经标明是‘错误’和‘迷信’的东西。例如，他们越仔细地研究亚里士多德的动力学、燃素化学或热质说，就越确凿地感觉到，那些曾一度流行的自然观，作为一个整体，并不比今日流行的观点缺乏科学性，也不更是人类偏见的产物。”由于科学与伪科学区分的相对性，简单粗暴地反对伪科学，可能会导致对科学事业的伤害。
另外，正如在特定条件下，科学可能会产生负面影响一样，伪科学也可能会有正面价值。例如，黄维当年在狱中从事永动机的研究，得到了政府的支持，这项伪科学研究产生了非常良好的统战效果，对社会很有利。这是伪科学在科学之外具有正面价值的典型例证。这个案例很生动地说明了这样一个道理：科学和伪科学活动是人类社会活动的一部分，科学和伪科学活动除了在科学方面的价值和影响之外，还会因特定的环境和条件，产生其他方面的影响和价值。不分青红皂白简单地否定一切伪科学活动是犯了形而上学的错误。
抛开其他方面的正面价值，甚至于在科学上，伪科学也可能会产生正面的价值。李醒民教授曾说过，可以从三个不同层面来谈科学，即作为活动的科学、作为知识体系的科学和作为社会建制的科学。我认为，在这三个层面上，伪科学都可能有正面的科学价值，也就是说：在这三个层次上都存在这样的案例，虽然它们违反了科学的原则和规范，只能说是一种非科学，但是把它们当作科学来对待，却对我们今天毫无争议地当作科学成果的认识产生了积极的、正面的影响。
一、伪科学活动也能产生正面的科学价值。伪科学活动虽然不符合科学活动的一般研究规则，而且往往达不到其预定的目标，却常常能产生一些具有科学意义的结果。许多我们引以为荣的中国古代科学技术成就，就是那些一心要炼出仙丹的道士们所做出的成果。以我们今天的眼光看，炼丹是伪科学活动，但不能否认其对现代化学的正面价值。
二、作为知识体系的伪科学可能会有科学价值。某个理论在科学上不能成立，没有足够的依据，如果把它当作是科学理论，那它就成了一种伪科学，但它在科学上仍然会有其意义。在恩格斯《自然辩证法》里有一个经典案例，就是康德的星云假说，它是辩证唯物主义自然观取得突破的重要基石。它从来没有被科学家普遍接受，仔细推敲起来是站不住脚的，其思路与现在许多伪科学理论的思路差不多。但是，它对于后世自然观的突破乃至自然科学的发展起到非常重要的推动作用，甚至比很多实实在在的科学成就带来的影响更大。
三、作为社会建制的伪科学可能会有科学价值。现实中科学的社会建制是有缺陷的，科学共同体得出的集体结论不一定是科学的，因为很多外部因素干扰着科学共同体。传统的科学社会学所宣称的科学“祛利性”原则掩盖了科学活动中的利益与权力关系。而流行的科学观认为，科学共同体是知识的唯一鉴定者，这使得外行难以批评作为整体的科学共同体。
美国著名营养学家坎贝尔，在《中国健康调查报告》中揭露说，由于医学共同体受到大型医药公司非常深重的影响和控制，那些以科学名义发布的医学和营养学结论往往是不合理的。他指出，“科学家得到的这些资助都是由像米德・约翰逊营养学实验室、ＬＥＤＥＲＬＥ实验室、ＢＩＯＳＥＲＶＥ生物工程公司以及以前的宝洁公司，还有达能营养中心提供的。这些都是食品工业和药物工业的衍生机构，他们代表的是科学界和产业界的一种畸形的联姻。你能相信这些所谓‘科学界的朋友’，真正致力于追求科学的真相，而不管结论对他们的影响是好还是坏吗？”
传统科学观认为，脱离了地域局限性的职业科学共同体，要比受限于地方特点的公众更有权威性。这种普遍主义的观点掩盖了科学知识本质上的地方性。例如，在英国坎布里郡羊污染事件中，最后的结果说明当地牧羊人的判断比科学家们更加高明。
所以，科学共同体之外的观点往往反而是正确的。把违背科学共同体的观点称之为科学，这种做法我们通常认为就是典型的伪科学，而实际上它可能就是真理。外部力量对科学共同体的干预可能会产生正面的影响。比如对于中国共产党在西方传统的医学体制中引入中医的做法，费耶阿本德就大加称赞，认为中西医结合开创了一种有趣的医学发展路线。
传统的科学社会学认为科学不应该受到特定价值观念的影响，否则就是伪科学。著名科学哲学家桑德拉・哈丁的“立场认识论”认为，这种备受推崇的中立性，可能正是实现客观性最大化的障碍。在科学史上，我们可以看到宗教偏见、民族情绪、性别意识、阶级观念等非普世主义价值可能促进科学发展。这方面案例很多，如毕达哥拉斯的宗教观念之于数学研究，太阳崇拜之于哥白尼日心说，阶级意识之于马克思政治经济学，女性主义之于生命科学等等。
伪科学最大的害处据说是非理性。然而，费耶阿本德在深入研究了伽利略的案例后指出，“论证若审慎地加以应用，本来可能阻止现代科学的兴起。论证可能阻滞科学，而瞒骗则是促进科学所必不可少的。”所以，在某些特定条件下，甚至在科学中即便使用非理性的手段也常常是有益的。“显然对新思想的归顺将不得不借助论证之外的手段促成。它的实现将不得不依赖非理性的手段，诸如宣传、情感、特设性假说以及诉诸形形色色的偏见。我们需要这些‘非理性手段’来维护新思想，它们在找到辅助科学、事实和论据之前只是一种盲目的信仰，在那之后，才转变成可靠的‘知识’。”
当然，承认伪科学在一定条件下有正面价值，并不意味着我们就应该弘扬伪科学，也不否定那些为了科学发展而真诚地批驳和反对伪科学的努力的价值。因为，“伪科学”的正面价值必须要在特定条件下才能显现，而且其负面性确实是普遍存在。我们所强调的是，必须坚持马克思主义活的灵魂，即实事求是，具体问题具体分析，不搞形而上学的一刀切。
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